Trong khu vực của vườn quốc gia được chia thành ba khu vực cảnh quan chính là: vùng thung lũng Rio Claro là một khu vực đất thấp, tương đối bằng phẳng, khu vực Ridge nằm ở giữa phía bắc của vườn quốc gia, bao gồm cả các con sông Rio Preto, Santana, Capim Branco và khu vực miền núi ở phía nam.

Đây là một trong những nơi có kiến tạo địa chất lâu đời nhất trên thế giới. Vườn quốc gia có nền địa chất chủ yếu là đá thạch anh trồi lên trên các tinh thể, trước đây đã từng được xuất khẩu sang nhiều quốc gia như Anh, Nhật Bản để phục vụ cho các ngành công nghiệp. Ngày nay, tinh thể đá này có tác dụng như là để chữa bệnh như là tại thị trấn Alto Paraiso. Tinh thể đá có mặt ở khu vực Cerrado. Dòng sông chính trong vườn quốc gia là sông Rio Preto, một nhánh của sông Tocantins. Con sông tạo ra rất nhiều thác nước, như thác Rio Preto (cao 120 mét) hay thác Cariocas cùng với đó là những hẻm núi tuyệt đẹp, có nơi sâu tới 300 mét.